Masyumi sebuah partai Islam yang besar pada tahun 1950-an, walaupun partai Islam itu dianggap solid, tetapi di dalamnya terdapat dua faksi yang saling bertentangan, yaitu faksi Islamis yang dipimpin oleh Muhammad Natsir dan Faksi Nasionalis yang dipimpin oleh Soekiman dan Jusuf Wibisono. Kelompok Islamis itu menunjukkan sikap yang sangat bermusuhan dengan NU dan Bung Karno, sementara kelompok Masjumi nasionalis lebih dekat dan bisa menghargai NU dan Bung Karno. Karena itu,  NU tetap kerasan beraliansi dengan Masyumi. Tetapi ketika kelompok Natsir dominan, NU terpaksa keluar dari aliansi itu tahun 1952. Itulah sebabnya,  Nurcholish Madjid mengidentifikasi gerakannya sebagai kelanjutan dari Masyumi Soekiman, yang lebih democrat, nasionalis dan toleran.

Besarnya pengaruh kelompok Natsir yang berpikir terlalu agamis, tetapi tidak disertai strategi politik yang realistis dan matang,  itulah yang menurut Jusuf wibisono Masyumi tergelincir ke dalam pemberontakan PRRI, yang menganggap kekuatannya terlalu besar, sehingga merasa bisa menandingi Soekarno yang didukung oleh partai besar seperti PNI, NU, PKI dan tentara. Lagipula, pemberontakan itu sendiri menurut Jusuf Wibisono bertentangn dengan Konstitusi dan Demokrasi Parlementer yang diperjuangkan sendiri oleh Masyumi.

Posisi Menes yang berada di ujung kolon Pulau Jawa yang terpencil itu agak menyulitkan para peserta Muktamar NU ke 13 yang diselenggarakan tahun 1938 itu. Apalagi kendaraan umum waktu itu belum cukup tersedia. Mobil masih bisa dihitung dengan jari. Jaringan kereta api tidak sampai ke sana, maka delman menjadi tansport andalannya. Bahkan ada peserta dari Surabaya yakni Abdullah Ubaid yang nekad naik sepeda motor. Kenyataan ini diadari betul oleh Ketua PBNU KH Machfudz Sidiq, sehingga mengajak Muktamirin untuk menerima fasilitas dan konsumsi apa adanya.Tempat ini dipilih selain perjuangan dari Cabang Menes juga untuk menunjukkan NU peduli dengan masyarakat kota dan rakyat yang ada di pedesaan.
Hal itu pula yang membuat Rois Akbar KH Hasyim Asy’ari berhalangan hadir ke tempat bersejarah itu, karena kesehatannya sedang kurang baik. Padahal sebagai pimpinan tertingi NU tentu saja ingin berangkat ke sana. Tetapi kendali Muktamar diserahkan pada Trio pemimpin NU yakni KH Wahab Chasbullah, KH Machfudz Siddiq (Ketua Tanfidziyah saat itu) dan KH Wahid Hasyim, itupun masih didampingi sesepuh seperti Kiai Asnawi Kudus, ditambah para sesepuh yang ada di seantero Banten, seperti Kiai Muhammad Rois, sehingga Muktamar tetap santer  gaungnya. Apalagi Kiai Hasyim tetap juga mengirimkan pidato tertulisnya untuk memberikan arahan pada Muktamirin.

Sebagai komitmen pada jam’iyah itu, maka Hadratus syeikh Hasyim Asy’ari mendermakan uang sebesar 30 rupiah, uang itu semestinya untuk bekal ke sana, suatu jumlah yang amat banyak. Selain itu juga banyak ulama lain yang memberikan sumbangan, seperti Rois Syuriah NU Banten menyumbang sebesar 10 rupiah,  lalu KH Ismail Pandeglang menyumbang 1

Setelah hasil pemilu yang dimenangkan secara spektakular oleh NU, sehingga masuk dalam empati besar PNI, Masyumi, NU dan PKI, maka tak ada partai yang bisa meremehkan NU. Bahkan Masyumi yang semlua meremehkan, ternyata sangat mengandalkan kekuatan NU. Kehadiran NU sebagai kekuatan ketiga dalam percaturan politik nasional, akan selalu menjadi penentu bagi tercapainya kesepakatan. Karena itu, PNI dan Masyumi selalu berusaha mengandeng NU. 

Ketika  Masyumi menghadapi suasana penting yaitu pemilihan Gubernur Bank Indonesia (BI). Gubernur yang ada yakni Syafruddin Prawiranegara dari Masyumi yang masa jabatannya habis 15 Juli 1956, tidak akan diperpanjang dan hendak diganti dengan MR Lukman Hakim dari PNI. Selama ini, NU sangat dekat dengan PNI dan Bung Karno. Karena itu, pihak Masyumi khawatir NU akan mendukung Mr. Lukman, sehingga  segera berusaha mendekati  NU agar posisi strategis partainya tidak digeser. Maka, didatangilah KH Wahab Chasbullah oleh Jusuf Wibisono, menteri keuangan dari Masyumi. Kiai Wahab dipilih karena kiai ini memang perannya sangat menentukan dalam NU, selain itu dikenal sebagai seorang saudagar besar yang tentunya selalu membutuhkan modal. Kepada Rois Aam NU itu, Jusuf menjanjikan akan memberikan berbagai fasilitas keuangan bagi para pengusaha NU seandainya membutuhkan. Di sela itu Jusuf memohon dukungan sang Kiai untuk pencalonan lagi Syafruddin sebagai Gubernur BI. Kiai wahab tidak mengiyakan tetapi akan membicarakan dengan pimpinan NU yang lain. Jusuf puas dengan jawaban ini sehingga ia mendapat sedikit kepastian akan pencalonannnya.

Politik penjajah yang divide et impera (memecah belah) itu tidak ingin adanya kesatuan yang akan mengarah pada kekuatan untuk menumbangkan koloninya. Karena itu bangsa ini dipecah per etnis seolah tidak ada titik temunya. Dikatakan misalnya NU itu organisasinya orang Jawa, sehingga seolah di luar Jawa tidak ada organiasasi ini, sehingga mereduksi kekuatan NU.

Memang NU banyak mengapresiai kebudayaan Jawa, tetapi pada saat yang sama juga mengapreasiasi kebudayaan yang lain misalanya Bugis, Banjar, Minang dan sebagainya. Karena pada dasarnya NU lahir untuk mengukuhkan kebudayaan Islam Nusantara. Maka sebenarnya NU itu adalah Islam Nusantara, karena dasar keislaman di Nusantara adalah yang dikukuhkan dan perjuangkan NU.

Karena NU adalah organisasi berbasis pesantren, orang menganggapnya selalu dengan kacamata feodal. Padahal dalam kenyataannya tidak seperti itu. Sebagaimana ditegaskan oleh HM Subchan ZE ketika memberikan sambutan dalam Muktamar NU Ke 25 di Surabaya tahun 1971 mengatakan; “Saat ini sudah tidak sepantasnya terlalau banyak pengarahan dari PBNU kepada pengurus wilayah dan Cabang NU.”

“Kalau kita mau jujur, tingkat pengetahuan saya, Pak Syaichu, Pak Idham Chalid dengan Pimpinan wilayah dan cabang itu sama. Hanya beda sekupnya saja. Kebetulan kami di PBNU mendapatkan kesempatan di atas, sehingga banyak mendapatkan data di tingkat nasional. Kalau pengurus wilayah lebih mengetahui wilayahnya sementara pengurus cabang memiliki data lebih banyak tentang cabangnya itu saja, tetapi tingkat kecerdasan dan pengabdiannya pada NU sama.”

Sejak diberlakukannya SOB (Staat van Oorlog en Beleg) atau Undang-Undang Negara dalam Keadaan Bahaya (UUKB), 14 Maret 1957 menyusul terjadinya pemberontakan militer daerah seperti di Sumatera Barat, Sumatera Utara dan Sumatera Selatan, maka kehidupan politik tidak berlaku normal lagi.

Celakanya keadaan bahaya itu diberlakukan tak hanya di Sumatera, tetapi di seluruh wilayah Indonesia. NU Menilai tindakan yang dipimpin Kol. Simbolon dan Let Kol. Ahmad Husein yang haus kekuasaan itu membuat segala kehidupan politik nasional berjalan secara darurat dan diliputi rasa tidak aman.

Setelah Konstituante hasil pemilu 1955 dilantik, maka Sidang Konstituante dibuka Presiden  Soekarno pada 10 November 1956. Sepuluh hari kemudian, 20 November 1956, segera dilakukan pemilihan ketua. Semula banyak yang mencalonkan diri, tetapi karena berbagai alasan lalu saling mundur. Nyoto dari PKI mundur, Muh. Yamin juga mundur, sehingga mengkerucut pada dua kandidat. Pengkerucutan ini juga berdasarkan pemilahan ideologi atau aliran yang sedang bertarung, yaitu antar kelompok Islam dengan nasionalis.

Kelompok Nasionalis menjagokan Mr Wilopo dari PNI,  sementara kelompok Islam menjagokan KH Muhammad Dahlan dari NU. Keduanya bersaing ketat sebab menguasai kepemimpinan lembaga ini dirasa mereka penting. Konstituante yang merupakan lembaga pembuat undang-undang itu akan merumuskan undang-undang dasar baru, sehingga masing-masing kelompok perlu mendesakkan agendanya ke dalam undang-undang yang ada.

Ketika hubungan kelompok ulama dengan intelektuil di Masyumi tidak harmonis sejak peran ulama dipinggirkan, sebagai anggota Istimewa maka kalangan NU mengusulkan pada rapat Masyumi agar Masyumi dibentuk sebagai badan federasi umat Islam (Djamaah Islamijah), seperti MIAI dulu, sehingga masing-masing anggota bisa memiliki suara yang sama. Tetapi usul itu ditolak kalangan intelektuil yang mendominasi seluruh kepemimpinan Masyumi. Berbagai jalan diupayakan NU agar hubungan internal partai ini tetap harmonis, saling menghormati agar tidak terjadi perpecahan.

Dengan ditolaknya usul itu akhirnya pada 1 Mei 1952 NU keluar dari Masyumi karena keberadaannya tidak dihargai, hanya digunakan sebagai pendulang suara. Ketika NU keluar dari Masyumi maka NU dituduh sebagai pemecah-belah ukhuwah Islamiyah. Karena selama ini Masyumi mengklaim sebagai perwakilan tunggal umat Islam, padahal di luar itu masih ada partai lain seperti PSII, Perti dan beberapa partai kecil lainnya, yang tidak mau gabung dengan Masyumi.

Sewaktu NU mengadakan Muktamar ke-20 di Medan Desember 1956 lalu, daerah itu sedang bergolak akibat tindakan yang dilakukan oleh Dewan Gajah pimpinan Kol. Simbolon. Di Sumatera Barat, Dewan Banteng pimpinan Kol. Ahmad Husein juga melakukan tindakan sama, sehingga Muktamar berlangsung di bawah dentuman meriam dan tekanan bayonet. Untungnya semua hambatan bisa diatasi. Muktamar selesai dengan lancar, meski beberapa peserta termasuk Idham Cholid dan Djamaluddin Malik  sempat tertahan.

Selesai Muktamar, NU dikejutkan lagi dengan rencana Masyumi untuk menarik para menterinya di kabinet. NU berusaha keras membujuknya agar Masyumi tetap bertahan di kabinet, sebab kalau posisi itu ditinggalkan, maka akan diduduki PKI. Nasehat NU tidak digubris. Masyumi tetap keukeuh menarik diri dari kabinet sehingga mengakibatkan Ali-

Muktamar NU ke-22 merupakan Muktamar yang cukup berat, bayangkan enam bulan sebelum Muktamar Dekrit Presiden 5 Juli 1959 dikeluarkan, akhirnya NU harus merespon soal proses kembali ke UUD 45, Demokrasi terpimpin dan sebagainya itu dengan serius. Hal itu setidaknya tercermin dalam Pidato Iftitah Rais Aam pada pembukaan Muktamar 13 Desember 1959 di Jakarta.

Menjelang akhir Muktamar 17 Desember, tibalah saatnya pemilihan, tetapi sebelumnya pimpinan Sidang H Zainul Arifin mempersilahkan Rais Aam Kiai Wahab Chasbullah atas nama PBNU untuk menyatakan domisioner secara resmi.

Sejak sebelum musim haji tahun ini umat Islam seluruh dunia berdebat soal perluasn mas’a (tempat sa’i) yang berada di samping Masjidil Haram, Mekah, karena tempat yang ada terlalu sempit sehingga harus diperluas. Tetapi persoalannya kalau melakukan sa’i di tempat perluasan itu apa masih termasuk sa’i, sehingga umrah atau hajinya menjadi absah secara fikih. Perdebatan tetap terjadi tetapi pelaksanaan terus berlangsung.

Pemikiran perluasan mas’a itu ide pertamanya justru dari Indonesia, yaitu saat Bung Karno melaksanakan haji pada tahun 1955, melihat tempat itu terlalu sempit, padahal menurut ukuran waktu itu dengan jumlah jemaah yang hanya ratusan ribu tempat itu masih memadai.

Untuk memasuki era Demokrasi Terpimpin bukan perkara mudah buat para pemimpin NU. Walaupun organisasi para ulama itu setuju dengan Manifesto politik dan kembali ke UUD 1945, tetapi ketika hendak masuk di Kabinet dan DPRGR menjadi masalah soalnya ada dua aliran. Kiai Wahab menghendaki NU masuk dalam sistem itu, sementara Kiai Bisri Sansuri melarangnya.

Dengan argumen yang kuat akhirnya pendapat Kiai Wahab yang diterima secara resmi, sehingga  NU masuk ke dalam sistem Demokrasi Terpimpin. Agar bisa mengendalikan politik dari tarikan PKI ke kiri. Sambil berkelakar sang kiai mengatakan bahwa yang penting masuk dulu, nanti keluarnya gampang.

Di sela-sela sidang Dewan Pertimbangan Agung (DPA) pada September 1959 Bung Karno menyatakan bahwa dia sebenarnya kurang nyaman dengan segala pakaian dinas kebesaran, tetapi semua ini dipakai untuk menjaga kebesaran Bangsa Indonesia.

“Seandainya saya adalah Idham Cholid yang ketua Partai NU atau Seperti Suwiryo, ketua PNI, tentu saya cukup pakai kemeja dan berdasi, atau paling banter pakai jas,” kata Bung Karno sambil melihat respon hadirin.

Setelah NU berdiri menjadi partai para pimpinan perlu kembali mengubah NU dari paradigma ormas menjadi paradigma partai politik. Ini sebuah pekerjaan besar sehingga para pimpinan partai tertinggi NU seperti Kiai Wahab Chasbullah dan KH Idham Cholid sendiri yang melakukan turba untuk konsolidasi partai NU ke Jawa Tengah, pada 1953. Langkah ini penting untuk menghadapi Pemilu 1955.

Namun, walaupun keduanya telah mengirim telegram tetapi tidak satupun aktivis partai yang menjemput mereka ke stasiun kereta api. Kebetulan ketua NU setempat adalah pegawai Departemen Agama, sementara Menteri Agamanya adalah Fakih Usman dari Masyumi. Ketua NU itu ketakutan karena terancam posisinya di Depag akan digeser.

Para politisi dan akademisi sering melihat NU secara simplistik, sehingga membuat kesimpulan salah: oportunis, konservatif dan sebagainya. Dalam kenyataannya NU cukup lihai dalam berpolitik. Sikap politik yang rasional, lugas model PSI-Masyumi dengan mudah dilibas Bung Karno dan PKI.

Politik NU yang terpola menurut kaidah fiqhiyah justru berjalan lebih lentur, lihai dan lebih strategis. Karena itu walaupun masuk dalam lingkaran pemerintahan Presiden Soekarno, tetapi dalam masalah prinsip NU berani melawan pemimpin Besar itu.